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コラーゲンはたんぱく質の一種です。たんぱく質というのは、生体の分子レベルでの多くの仕事を受け持つ酵素を構成する高分子ですから、そのようなものが簡単に胃から吸収されたら、牛や豚の酵素がヒトの身体の中で活動を始めてしまうかもしれません。それは明らかに危険なことです
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だからなのかどうかはわかりません（生化学では目的論的説明はしない）が、現実に、胃腸でコラーゲンを含むたんぱく質はほとんどバラバラの状態まで切断されてしまいますし、さらには、たとえ大きなまま吸収されたとしても、体内の免疫機能によって、おかしな異物（他の動物のたんぱく質はその代表的なものです）として、ただちに排除される仕組みになっています。
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ということは、つまり、コラーゲンを飲んでも、それが吸収されるときは、ほとんどアミノ酸かオリゴペプチド（アミノ酸数個がつながったもの）になっているということ、大きなまま吸収されても、それが豚や牛のものなら免疫反応が起きる可能性が大きいということです。
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このような仕組みの中で、コラーゲンが肌をきれいにするというのは、どういうことになるのでしょうか？
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少なくとも、現実の化粧品に配合されているコラーゲンが保湿効果を期待されているというようなレベルの問題ではありえません。化粧品中のコラーゲンはそのままのたんぱく質として作用することを期待されているのに対して、飲んだコラーゲンはそうではないからです。
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コラーゲン溶液を飲んだ場合、コラーゲンは一般のたんぱく質に比べてアミノ酸の組成がちょっとばかり特殊ですから、吸収されたアミノ酸の多くはコラーゲンの製造に使われるかもしれません。ということは、肌のコラーゲン量が多くなるのかもしれないし、質的に向上する可能性もないわけではありません。
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整理してみます。
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１）コラーゲンはたんぱく質である
２）たんぱく質は胃腸でバラバラに分解されて吸収される
３）バラバラになったアミノ酸はお肌のコラーゲン合成にも使われる
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補足すると、どんなに大きなままでコラーゲンが吸収されても、そのままでお肌のコラーゲンとして再利用されることはないでしょう。たんぱく質は遺伝子によって遊離アミノ酸（単独のアミノ酸）を材料として作られます。特にコラーゲンはほとんど水に溶けないので、必要な場所(皮膚の下とか）で必要に応じて遊離アミノ酸から作られるでしょう。
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